Свой космический полет Борис Владимирович Моруков совершил 8 сентября 2000 года в качестве специалиста полета экипажа шаттла Atlantis STS-106.

10 сентября шаттл состыковался с Международной космической станцией, находившейся в беспилотном режиме. Основной задачей полета являлась доставка грузов на борт МКС и ее подготовка к полету в пилотируемом режиме. После проведения ряда работ на станции, включавших выход в открытый космос и разгрузку корабля «Прогресс М1-3», 20 сентября 2000 года экипаж шаттла Atlantis благополучно вернулся на Землю. Продолжительность полета составила 11 суток.

Руководство Центра подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина, лётчики-космонавты, весь коллектив ЦПК поздравляют Бориса Владимировича Морукова с днем рождения и желают ему крепкого здоровья, благополучия, счастья, успехов в профессиональной деятельности и сил для новых свершений.