Прежде чем отправиться в полет, космонавты и астронавты международного экипажа должны ознакомиться с программой подготовки стран-участников проекта МКС.  Так, астронавты НАСА, ЕКА и ДжАКСА в Российском Центре подготовки космонавтов изучают системы корабля «Союз» и Российского сегмента МКС, а также проходят заключительный этап подготовки и сдают экзамены в ЦПК. В свою очередь, российские космонавты направляются в космические Центры агентств-партнеров для прохождения курса подготовки по изучению других сегментов Международной космической станции.

Российские члены экипажа МКС-39/40 Александр Скворцов и Олег Артемьев 23 января 2014 года завершили подготовку в Космическом центре имени Л. Джонсона (КЦД, г. Хьюстон). В это же время на подготовке в США также находились российский космонавт, входящий в состав 40/41 длительной экспедиции на МКС Максим Сураев и космонавты экипажа 41/42 Александр Самокутяев и Елена Серова.

Курс подготовки в Космическом центре имени Л. Джонсона включал занятия по изучению американского сегмента Международной космической станции (АС МКС) и тренировки по отработке типовых операций.

По окончании сессии экипаж 39/40-й экспедиции на МКС встретился с представителями руководства Космического центра имени Л. Джонсона, американской программы МКС и полета МКС в НАСА и приняли участие в традиционной «cake ceremony».

Уже 27 января 2014 года российские космонавты экипажей МКС-39/40, 40/41 и 41/42 продолжили подготовку к космическому полету в ЦПК имени Ю.А. Гагарина.

Старт транспортного пилотируемого корабля (ТПК) «Союз ТМА-12М» с российскими космонавтами Александром Скворцовым и Олегом Артемьевым, американским астронавтом Стивеном Свонсоном запланирован на март 2014 года.