В 1969 году в соответствии с Постановле­нием ЦК КПСС и СМ СССР от 28.11.68 г. № 932-331, приказом МО СССР № 003 от 07.01.69 г. (директивы ГШ № орг/9/86755 от 30.01.69 г. и ГШ ВВС № 410510 от 28.02.69 г.) 1-ый ЦПК имени Ю.А. Гагарина был преобразован в 1-ый Научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов (1-ый НИИЦПК) имени Ю.А. Гагарина с правами и статусом НИИ первой категории.

В новой организационно-штатной структуре Центра, введенной с 1 апреля 1969 года, были сформированы 1-ое и 2-ое управления.

1-ое управление подготовки космонавтов, летно-космических испытаний и боевого применения пилотируемых космических летательных аппара­тов возглавил Павел Иванович Беляев. Заместителем начальника управления по подготовке космонавтов был назначен Алексей Архипович Леонов, по научно-исследовательской и испытательной работе – Владилен Максимович Румянцев, по политической части – Николай Фёдорович Никерясов. В управлении было сформировано 7 отделов. В штат первых 4-х отделов были включены группы космонавтов по направлениям деятельности этих отделов.

Начало строительства здания 1-го управления, закладка фундамента, 1972 г.

В настоящее время 1-ое управление (научно-исследовательское испытательное отбора и подготовки космонавтов к летным и наземным испытаниям и эксплуатации пилотируемых космических аппаратов, к выполнению специальных работ в космосе в интересах обороны страны и безопасности государства в рамках программы научно-прикладных исследований и экспериментов, разработки методик и учебно-методических средств подготовки, управления космическими полетами и обеспечения безопасности деятельности космонавтов в полете) состоит из 4-х отделов и организационно-планового отделения.

Должность начальника управления занимает Летчик-космонавт РФ, Герой России Валерий Григорьевич Корзун. Заместителя начальника 1-го управления – Андрей Иванович Кондрат, заместитель начальника 1-го управления (по научно-исследовательской испытательной работе) – кандидат технических наук Геннадий Дмитриевич Орешкин.

Основная деятельность 1-го управления направлена на подготовку космонавтов, ее методическое обеспечение и управление полетами.

По состоянию на 1 апреля 2014 году в 1-ом управлении работают 110 сотрудников, из них 12 кандидатов наук (технических, педагогических, военных).

За высокие показатели в профессиональной деятельности, добросовестное выполнение своих обязанностей и личный вклад в дело подготовки космонавтов сотрудники, работающие в настоящее время в 1-ом управлении, награждены государственными наградами СССР (9 человек), государственными наградами Российской Федерации (12 человек), ведомственными медалями и знаками (более 70 человек).

2-ое управление было образовано для создания и испытаний комплексных и специализированных тренажеров пилотируемых космических летательных аппаратов и обеспечения подготовки космонавтов. Его возглавил полковник Николай Андреевич Клишов, кандидат технических наук, выпускник ВВИА им. проф. Н.Е. Жуковского. Заместителем начальника управления был назначен полковник Александр Георгиевич Рябов, по политической части – полковник Дмитрий Спиридонович Шмотов. В управлении было сформировано 5 отделов.

В настоящее время 2-ое управление (научно-исследовательское испытательное научно-технического сопровождения создания тренажёров пилотируемых космических аппаратов всех типов и назначений, их модернизации, испытаний, эксплуатации и обеспечения подготовки космонавтов) состоит из 5 отделов и организационно-планового отделения.

Должность начальника управления занимает кандидат технических наук, доцент, заслуженный испытатель космической техники Хрипунов Владимир Петрович. Заместитель начальника 2-го управления – заслуженный испытатель космической техники Сергей Прокопьевич Лопаев, заместитель начальника 2-го управления (по научно-исследовательской испытательной работе) – кандидат технических наук, доцент, заслуженный испытатель космической техники Сергей Васильевич Игнатьев.

Основная деятельность 2-го управления направлена на инженерно-техническое обеспечение подготовки космонавтов, обоснование и разработку тактико-технических требований к тренажёрам ПКА (их составным частям), технических заданий на создание и модернизацию тренажеров, программ и методик их испытаний.

По состоянию на 1 апреля 2014 году во 2-м управлении работают 133 сотрудника, из них – 3 доктора и 9 кандидатов технических и педагогических наук.