Этапы развития СОПК обусловлены существенным усложнением пилотируемых космических программ и связанны с принципиальным изменением ее научно-методической базы:

1 этап: 1961 – 1971 годы 

• связан с автономными полетами на транспортных кораблях типа «Восток», «Восход» и первых «Союзах» продолжительностью до 4 суток;

2 этап: 1971 – 1977 годы 

• связан с полетами на станциях «Салют» - «Салют-5» продолжительностью до 60 суток;

3 этап: 1977 г. – по настоящее  время 

• связан с длительными полетами на долговременных станциях «Салют-6», «Салют-7», «Мир», «МКС» продолжительностью в среднем около 200 суток.

 Второй этап связан с полетами на орбитальных станциях, начиная с первой станции «Салют» и вплоть до «Салют-5» включительно. На этом этапе вместе с повышением сложности деятельности экипажей ПКА существенно возросли требования к инженерно-технической подготовке космонавтов. Экипажи, состоящие из двух космонавтов, должны были освоить управление не только транспортным кораблем «Союз», но и станцией «Салют». Появились новые сложные функции экипажа, связанные с длительными полетами на борту станции. Программы наземной подготовки космонавтов к космическим полетам на этом этапе стали более сложными. Потребовалась диверсификация видов подготовки и их интеграция в единой программе.  Научно-методическая база системы подготовки космонавтов получила дальнейшее развитие за счет обобщения большого опыта подготовки и выполнения космических полетов. Однако и на этом этапе также превалировали методы формирования навыков выполнения ограниченного количества полетных операций.

Третий этап становления системы отбора и подготовки космонавтов связан с усложнением деятельности космонавтов при выполнении длительных полетов на долговременных станциях «Салют-6», «Салют-7», «Мир», «МКС». На этом этапе появляется новый транспортный корабль типа «Союз-Т» (1980 г.), управляемый бортовым цифровым компьютером, что привело к принципиальному изменению технологии подготовки его экипажей. Одновременно с усложнением транспортных кораблей и орбитальных станций резко возросла продолжительность космических полетов, которая составила в среднем 200 суток. При этом многократно возросли нагрузки на членов экипажей – физические, эмоциональные, информационные. Все это потребовало дальнейшего развития научно-методической базы подготовки космонавтов к космическому полету, развития методов послеполетной реабилитации космонавтов. С началом построения, сборки и эксплуатации МКС при активном участии международных экипажей в подготовку космонавтов стали включаться новые помимо чисто технических дисциплин элементы, которые ранее не присутствовали в ней. Например, это такие новые необходимые навыки и знания, как правила межкультурного взаимодействия в полёте, основы делового международного общения и другие.