В 1969 году в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР № 932-331 от 28.11.1968, приказом МО СССР № 003 от 07.01.1969 (директивы ГШ № орг/9/86755 от 30.01.1969 и ГШ ВВС № 410510 от 28.02.1969) 1-й ЦПК имени Ю.А. Гагарина был преобразован в 1-й Научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов (1 НИИЦПК) имени Ю.А. Гагарина с правами и статусом НИИ первой категории.

В новой организационно-штатной структуре Центра, введённой с 1 апреля 1969 года, было сформировано 1-е управление «подготовки космонавтов, лётно-конструкторских испытаний и боевого применения пилотируемых космических летательных аппара­тов», которое возглавил Герой Советского Союза, лётчик-космонавт СССР Павел Иванович Беляев. В управлении было организовано семь отделов. В штат первых четырех отделов были включены группы космонавтов по направлениям деятельности этих отделов.

Основная деятельность 1-го управления с момента его основания всегда заключалась в подготовке космонавтов, её научно-техническом и методическом обеспечении, участии в испытаниях космической техники и управлении космическими полётами.

За прошедшие 55 лет 1-е управление не раз подвергалось реорганизации и не раз претерпевало существенные изменения, но всегда совершенствовало методологию подготовки космонавтов, приобретало, сохраняло и приумножало знания космической техники, неустанно делилось ими и устойчиво прививало и развивало у космонавтов умения и навыки надёжного и безопасного управления пилотируемыми космическими аппаратами. С 1969 года специалистами управления были подготовлены и успешно осуществили космические полёты 223 экипажа по 8-ми советским, международным и российским пилотируемым программам освоения космоса:

• 35 советских экипажей по программам долговременных орбитальных станций (ДОС) «Салют» и орбитальных пилотируемых станций «Алмаз»;

• 1 советский экипаж по международной экспериментальной программе «Аполлон-Союз» («ЭПАС»);

• 9 международных экипажей по программе «Интеркосмос» на ДОС «Салют-6»;

• 2 экспедиции посещения с участием представителей Франции и Индии на ДОС «Салют-7»;

• 28 основных экипажей, в т.ч. 13 – в международном составе, 3 экспедиции посещения и 9 экипажей американских кораблей по программе «Мир»-«Shuttle» на орбитальный комплекс «Мир»;

• 70 международных основных экипажей, 21 экспедиция посещения, 37 международных экипажей многоразовых космических кораблей «Space Shuttle», 8 экипажей американского частного многоразового космического корабля Dragon на Международную космическую станцию.

Сегодня 1-е управление «отбора и подготовки космонавтов к лётным и наземным испытаниям и эксплуатации ПКА, их бортовых и робототехнических систем, к решению задач в области дистанционного зондирования и национальных интересов Российской Федерации, участия в эргономической экспертизе космической техники, разработке средств подготовки космонавтов, управлении космическими полётами ПКА и их информационном обеспечении, обеспечении безопасности деятельности космонавтов в полёте и анализе результатов подготовки и деятельности экипажей ПКА, научно-методического и научно-технического сопровождения проводимых работ» состоит из руководства, четырёх отделов и научно-методической лаборатории.

В 1-м управлении работают 111 сотрудников, из них 1 доктор технических наук и 10 кандидатов наук (технических, педагогических и военных), 82 мужчин и 29 представительниц прекрасной половины человечества, средний возраст работников 1-го управления – 49 лет.

В ближайшей перспективе направления деятельности 1 управления определяются участием в реализации «Стратегии российской пилотируемой космонавтики на период до 2035 года», предусматривающей как продолжение полётов по программе МКС, так и осуществление ряда новых космических программ.