В 1969 году Центр был преобразован в Научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов им. Ю.А. Гагарина и приравнен по положению к научно-исследовательским институтам первой категории. Это было обусловлено началом нового, более сложного этапа развития пилотируемой космонавтики и, в связи с этим, неизмеримо усложнившимся процессом подготовки космонавтов. Стало очевидным, что совершенствование системы отбора и подготовки космонавтов может осуществляться лишь на научной основе, а проведение исследований, испытаний космической техники, научного сопровождения создания пилотируемых космических аппаратов и средств подготовки космонавтов в промышленности должно выполняться высококвалифицированными научными кадрами со специальной подготовкой.

С этой целью, начиная с 1970 года, Центр стал вести целенаправленную подготовку научных кадров методом соискательства с защитой диссертаций в советах вузов и научно-исследовательских организаций Минобороны и других министерств и ведомств.

Среди сотрудников Центра, защитивших диссертации в советах организаций МО, АН СССР и РФ и др., летчики-космонавты СССР и РФ: Л.С. Демин, А.Г. Николаев, В.В. Терешкова, Б.В. Волынов, А.А. Леонов, Е.В. Хрунов, В.Ф. Быковский, А.А. Губарев, В.А. Шаталов, А.В. Филипченко, П.Р. Попович, П.И. Климук, В.В. Циблиев, Ю.П. Артюхин, Г.Т. Береговой, Ю.Н. Глазков, Г.С. Шонин, Г.В. Сарафанов, С.К. Крикалёв, Ю.М. Батурин, Ю.В. Лончаков, А.Н. Бабкин, О.В. Котов, Ф.Н. Юрчихин, С.Н. Рязанский, С.Н. Ревин, А.Н. Шкаплеров.

В связи с необходимостью создания диссертационного совета в Центре, по согласованию с организациями МО приказом Высшей аттестационной комиссии от 18 октября 1990 года в Центре был создан диссертационный совет ССК 106.76.01 по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата технических наук по специальности 20.02.12 «Военная кибернетика, информатика, системный анализ, исследование операций и моделирование боевых действий», с областью исследований: «Развитие методов информатики, исследования операций теории боевой эффективности и системного анализа применительно к области военной кибернетики, военным энергетическим системам, к разработке и оценке эффективности обучающих и тренажных систем». В 2001 году диссертационный совет Центра прошел переаттестацию.

С 1970 по 2011 годы, как через диссертационный совет Центра, так и через советы других организаций, подготовлено 168 докторов и кандидатов наук, что позволило обеспечить важнейшие направления деятельности Центра специалистами высшей квалификации.

О научном признании вклада сотрудников Центра в развитие науки и техники в области космонавтики свидетельствует тот факт, что многие из них удостоены ученых званий профессора, доцента, старшего научного сотрудника, государственных премий, избраны академиками и членами-корреспондентами общественно-научных академий.

В 2009 году в связи с организационными мероприятиями, проводимыми Высшей аттестационной комиссией, диссертационный совет Центра прекратил свое существование.

Центр сохранил свои научные кадры. В период с 2010 по настоящее время 6 сотрудников Центра подготовили и защитили диссертации на соискание ученой степени доктора наук и 14 сотрудников – кандидата наук.

В настоящее время в Центре работают 66 специалистов, имеющих ученую степень, из них 9 докторов наук:

• Ю.М. Батурин – доктор юридических наук, член-корреспондент РАН;
• Б.И. Крючков – доктор технических наук, лауреат Государственной премии СССР;
• Б.А. Наумов – доктор технических наук, лауреат Государственной премии РФ в области науки и техники;
• А.А. Курицын – доктор технических наук, доцент;
• В.М. Усов – доктор медицинских наук, профессор;
• В.М. Жуков – доктор технических наук, профессор;
• Л.М. Королев  – доктор психологических наук, профессор;
• В.А. Дикарев – доктор технических наук, профессор;
• В.Н. Саев – доктор технических наук, доцент

и 57 кандидатов наук.