За время работы Центра в качестве научно-исследовательской организации в нем были основаны и развиты научные школы по следующим проблемам:

1. Обоснование, разработка и развитие общей методологии и системы подготовки космонавтов.
2. Обоснование, разработка и развитие методологии подготовки космонавтов на комплексных и специализированных тренажерах.
3. Обоснование и разработка состава, основных характеристик и рационального размещения технических средств подготовки космонавтов.
4. Развитие системы медико-биологической, психологической и физической подготовки космонавтов к полетам на ПКА всех типов и назначений, а также послеполетной реабилитации космонавтов. 
5. Обеспечение безопасности космических полетов.
6. Обоснование, разработка и развитие методологии экспериментальной наземной отработки технологических процессов сборки, обслуживания и ремонта космических объектов и сопровождения натурной отработки внекорабельной деятельности космонавтов.
7. Эргономическая отработка и исследование эффективности применения комплексов систем жизнеобеспечения экипажей ПКА.
8. Обоснование и развитие системы обеспечения национальной и коллективной безопасности с использованием пилотируемых космических систем.
9. Обоснование и разработка системы экологического мониторинга с использованием пилотируемых космических средств.

В создании каждой из научных школ принимали участие наиболее авторитетные и квалифицированные специалисты Центра.

Под их руководством формировался творческий коллектив, создавались исследовательская, лабораторная, экспериментальная и испытательная базы, проводились исследования, осуществлялась реализация их результатов.